الأشباح كيانات خارقة للطبيعة مثل الأشباح أو يوكاي التي كان يعتقد حتى وقت قريب أنها خرافات. ومع ذلك، عندما ينتشر فيروس يصيب الدماغ في جميع أنحاء المجتمع، يتغير تصور الناس للعالم حيث يتم الكشف عن الكائنات الأسطورية التي عاشت جنبا إلى جنب مع البشرية طوال الوقت. أثر هذا الفيروس أيضا على الجيل التالي بشكل كبير، مما سمح لهم بتطوير قدرات خاصة يمكنهم استخدامها لمحاربة الأشباح الخطرة. هاروهيكو إيتشيجو و مي كاواكامي اثنان من أولئك الذين تم منحهم مثل هذه القوة مثل هاروهيكو التي تمتلك القدرة على استدعاء وختم الأشباح من خلال الرسومات بينما تضفي ماي قوة العناصر على فنون الدفاع عن النفس. معا، جنبا إلى جنب مع الشبح الودي رورو، يشكلون الفريق E التابع لأكاديمية Hosea والمخصص للتعامل مع هذه الكائنات المؤذية في كثير من الأحيان. في عالم يتشابك فيه الواقع والسريالية، يتبع Musaigen no Phantom World مغامرات مجموعة من الأصدقاء وهم يتعاملون مع المشكلات اليومية التي تسببها الأشباح.